一、免稅政策目標
種子種源進口免稅政策旨在支持引進和推廣良種，加強物種資源保護，豐富我國動植物資源，發展優質、高產、高效農林業，降低農林產品生產成本。
二、免稅品種范圍
?。ㄒ唬┡c農林業生產密切相關，并直接用于或服務于農林業生產的下列種子(苗)、種畜(禽)和魚種(苗)（以下簡稱種子種苗）：
1.用于種植和培育各種農作物和林木的種子（苗）；
2.用于飼養以獲得各種畜禽產品的種畜（禽）；
3.用于培育和養殖的水產種（苗）；
4.用于農林業科學研究與試驗的種子（苗）、種畜（禽）和水產種（苗）。
?。ǘ┮吧鷦又参锓N源。
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三、免稅申請條件
?。ㄒ唬┓N子種苗進口免稅應同時符合以下條件：
1.在免稅貨品清單內，即屬于附件1第一至第三部分所列貨品。
2.直接用于或服務于農林業生產。免稅進口的種子種苗不得用于度假村、俱樂部、高爾夫球場、足球場等消費場所或運動場所的建設和服務。
?。ǘ┮吧鷦又参锓N源進口免稅應同時符合以下條件：
1.在免稅貨品清單內，即屬于附件1第四部分所列貨品。
2.用于科研，或育種，或繁殖。進口單位應是具備研究和培育繁殖條件的動植物科研院所、動物園、專業動植物保護單位、養殖場和種植園。
?。ㄈ┟舛愡M口工作犬相關貨品應為軍隊、武警、公安、安全部門(含緝私警察)進口的警用工作犬，以及繁育用的工作犬精液和胚胎。
四、免稅政策操作流程
?。ㄒ唬┓N子種苗和野生動植物種源操作流程。
申請免稅進口第二條（一）、（二）項下貨品的進口單位，應向農業部或國家林業局（以下稱產業主管部門）提出年度免稅進口需求。產業主管部門匯總后向財政部提出年度免稅進口建議，財政部會同海關總署和國家稅務總局在附件1所列免稅貨品清單范圍內，核定年度免稅進口計劃。產業主管部門在年度免稅進口計劃內為進口單位進行有關單據的標注工作。進口單位在產業主管部門標注的免稅品種、數量范圍內，按有關規定向海關申請辦理減免稅手續。具體流程及要求如下：
1.進口單位提出進口需求。
符合第三條（一）、（二）規定的進口單位，應按照產業主管部門相關規定，向其提出年度免稅進口需求，說明需要免稅進口的品種、數量、最終用途等必要情況。其中，以科研為目的，申請免稅進口野生動植物種源的，應說明科研項目簡況，并在科研項目結束后60日內，向產業主管部門提供科研項目成果。
2.產業主管部門提出免稅進口建議。
產業主管部門不遲于當年11月30日，結合產業發展規劃、進口單位免稅進口需求以及免稅進口計劃執行情況，在附件1所列免稅貨品清單范圍內，向財政部提出今后年度免稅進口建議，并抄送海關總署和國家稅務總局。
產業主管部門應在免稅進口建議中，對建議數量的增減情況進行分析說明，其中以育種或繁殖為目的的野生動植物種源，建議數量應以確保野生動植物存活和種群繁衍的合理需要為限。
產業主管部門提出的免稅進口建議，應涵蓋其主管的全部免稅進口貨品，可以包括連續數個年度免稅進口數量，并按照附件2格式報送。
3.財政部會同有關部門核定年度免稅進口計劃。
財政部會同海關總署、國家稅務總局對產業主管部門報送的年度免稅進口建議進行審核，在附件1所列免稅貨品清單范圍內，核定年度免稅進口品種和數量。核定的年度免稅進口數量原則上不低于上一年度核定數量的40%。
經核定的年度免稅進口計劃在公歷年度當年內有效，不得跨年度結轉。除特殊情況外，已經核定的年度免稅進口計劃原則上不予追加。
4.產業主管部門標注確認進口單位的免稅進口品種和數量。
產業主管部門在對動植物苗種進（出）口、種子苗木（種用）進口、野生動植物種源進（出）口審批的同時，應分別按照附件3、4、5表格，標注確認進口單位所進口的品種和數量是否符合年度免稅進口計劃所核定的免稅品種、數量范圍，并對可轉讓和銷售的種子種源（僅限于附件1第1～3項，第9～11項，第16～30項，第44～47項貨品）的免稅品種和數量范圍，在“最終用途”欄內標注“可轉讓和銷售”。
對于每個免稅品種，產業主管部門標注確認的免稅數量合計，不得超出對該品種核定的年度免稅進口計劃數量。
在當年免稅進口計劃印發之日前，對于上一年度免稅進口計劃中已列名的品種，產業主管部門在對進口審批的同時，可以在上一年度核定的免稅進口計劃數量的40%以內，標注確認免稅進口品種和數量，并對可轉讓和銷售的種子種源（僅限于附件1第1～3項，第9～11項，第16～30項，第44～47項貨品）的免稅品種和數量范圍，在“最終用途”欄內標注“可轉讓和銷售”。
5.進口單位辦理進口減免稅手續。
進口單位應在附件3、4、5表格明確的有效期內，嚴格按照產業主管部門標注確認的免稅品種、數量、最終用途，按海關有關規定向海關申請辦理減免稅手續。
未經產業主管部門標注確認免稅的進口貨品應照章征收進口環節增值稅。
?。ǘ┕ぷ魅嚓P貨品操作流程。
申請免稅進口第二條（三）項下貨品且符合第三條（三）項規定的進口單位，憑主管部門出具的證明有關工作犬和工作犬精液及胚胎屬于免稅品種范圍的說明文件，以及其他相關材料，按有關規定向海關申請辦理減免稅手續。
五、免稅政策監管
種子種源在免稅進口后，由產業主管部門和工作犬相關貨品的主管部門加強管理。產業主管部門和工作犬相關貨品的主管部門應確保進口單位和免稅進口種子種源的最終用途符合第三條規定。
免稅進口的種子種源，除產業主管部門按第四條相關規定已標注“可轉讓和銷售”的以外，未經合理種植試驗、培育、養殖或飼養，不得擅自轉讓和銷售。產業主管部門應在本通知印發后2個月內另行制定出臺“合理種植試驗、培育、養殖或飼養”的標準，并配合有關部門做好相關工作。對違反本通知規定的種子種源進口單位，暫停其1年免稅資格；對依法被追究刑事責任的種子種源進口單位，暫停其3年免稅資格。
從2017年起，產業主管部門每年不遲于1月31日向財政部報送上一年度免稅進口計劃執行情況，并對免稅進口計劃執行率較低的品種，進行分析說明。進口計劃執行情況按照附件6、7格式提供，同時抄送海關總署和國家稅務總局。
財政部將會同海關總署、國家稅務總局等有關部門適時對政策執行情況進行監督檢查。對擅自超出核定免稅進口計劃以及超過上一年度核定免稅計劃數量40%標注確認免稅進口品種和數量的產業主管部門，一經核實，財政部將會同海關總署、國家稅務總局將有關情況函告產業主管部門，請其限期整改。
財政部、海關總署、國家稅務總局及農業部、國家林業局等有關部門及其工作人員在種子種源進口免稅政策執行過程中，存在違反執行免稅政策規定的行為，以及濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊等違法違紀行為的，按照《預算法》、《公務員法》、《行政監察法》、《財政違法行為處罰處分條例》等國家有關規定追究相應責任；涉嫌犯罪的，移送司法機關處理。
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